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Thèse et HDR soutenues durant la période 2000-2009

2009

MACALOU Sira [11-12-2009] Dir : A. DI PIETRO 

Le transporteur ABCG2 : rôle d’une séquence spécifique et recherche d’inhibiteurs sélectifs

PHD University
 

Resume :
Au cours de chimiothérapies, les cellules cancéreuses parviennent fréquemment à échapper aux effets toxiques des médicaments en développant des mécanismes de chimiorésistance qui résultent souvent de la présence d’un système d’efflux de ces médicaments. Cette chimiorésistance est corrélée à un phénomène appelé « phénotype MDR » pour (MultiDrug Resistance) et associé à la surexpression d’ATPases membranaires appartenant aux transporteurs ABC (ATP Binding Cassette). Le transporteur ABCG2 fait partie de cette grande famille de protéines. Un alignement de séquence a permis l’identification chez ABCG2 une séquence spécifique (LSGGE) très semblable à la séquence signature (VSGGE) de tous les transporteurs ABC. La mutation ponctuelle des résidus de cette séquence en alanine a produit une perte importante de fonction des mutants L352A et S353A, observée au niveau du transport et de l’activité ATPasique. Des relations structure-activité établies à partir de différents composés de la famille des flavonoïdes ont permis d’identifier MBLI 97, boéravinone G, MHT et ABI comme des composés puissants et spécifiques, capables d’abolir la résistance à de multiples drogues et chimiosensibiliser la croissance cellulaire. Le ciblage de séquences spécifiques et l’utilisation d’inhibiteurs spécifiques de ces transporteurs constituent des stratégies destinées à contrer la chimiorésistance et augmenter l’efficacité des traitements chimiothérapeutiques.

JEBORS Said [02-12-2009] Dir : A. COLEMAN 

Chimie et Biochimie de para-acyl-calix[n]arenes

PHD University
 

Resume :
Les para-acyl-calix[n]arènes possèdent d’énormes capacités d’auto-assemblage dans une grande variété de structures et de tailles allant des assemblages moléculaires incluant des capsules dimérique, des feuillets moléculaires aux nanoparticules, et à un niveau supérieur à des films macroscopiques. Tous ces assemblages sont capables d’accepter des molécules « invités » allant des classiques complexes d’inclusion « host-guest » à l’absorption de gaz dans des matériaux non-poreux. À l’interface air-eau, soit comme des monocouches de Langmuir ou des suspensions colloïdales, les para-acyl-calix[n]arenes peuvent interagir avec des espèces ioniques, des protéines et des lipides. Une extension des études menées des para-acyl-calix[4]arenes aux para-acylcalix[ 6,8,9]arenes a fait l’objet d’une partie de ce travail. La miscibilité de certains dérivés du para-acyl-calixar[6]ènes dans des monocouches mixtes avec certains phospholipides a été étudiée par la méthode de films de Langmuir. Les études menées sur les propriétés biologiques de dérivés du para-acyl-calix[8]arènes ce sont révélées prometteuses, avec une absence de toxicité hémolytique, ainsi qu’une activité anticoagulante pour deux des dérivés anioniques. L’analyse d’un large éventail de paramètres sur la stabilité de SLNs de para-acyl-calix[9] arene ouvre la perspective du développement de ces transporteurs pour des applications biomédicales. Ainsi, le para-acyl calix[n]arènes représentent l’une des classes les plus polyvalents des dérivés du calix[n]arene.

PARACUELLOS Patricia [01-12-2009 Dir : AJ. COZZONE 

Etude structurale et fonctionnelle d’une serine/thréonine kinase de staphylococcus aureus.

PHD University
 

Resume :
Les réactions de phosphorylation/déphosphorylation chez les bactéries régulent plusieurs fonctions cellulaires telles que croissance, différenciation, pathogénie, résistance aux antibiotiques, réponse au stress, formation du biofilm ainsi que plusieurs processus impliqués dans le métabolisme secondaire. Cependant, les signaux qui pourraient déclencher la cascade de signalisation par phosphorylation/déphosphorylation intracellulaire restent encore peu connus. Staphylococcus aureus est une bactérie à Gram positif pathogène pour l’homme. Elle est l’une des principales causes des infections nosocomiales et ce pathogène opportuniste est capable de provoquer de multiples infections allant du furoncle à la septicémie. Nos études se sont basées sur la caractérisation aux niveaux structural et fonctionnel de deux protéines de cette bactérie : une Sérine/Thréonine kinase nommée Stk1 ainsi que l’un de ses substrats, la triosephosphate isomérase (TIM).
Stk1 a déjà été identifiée comme responsable de la phosphorylation de plusieurs enzymes impliquées dans le métabolisme central de la bactérie ainsi que dans les phénomènes de virulence et de résistance à l’antibiotique phosphomycine. Cependant, à ce jour, aucune caractérisation structurale n’a été conduite sur cette kinase. Nous avons ainsi mené une étude cristallographique de plusieurs domaines de cette protéine et nous présentons plus particulièrement la structure de trois domaines extracellulaires dits « PASTA », ainsi qu’un modèle tridimensionnel de la protéine entière. Les domaines PASTA sont spécifiques des Ser/Thr kinases et des Penicillin-Binding Proteins (PBP’s) et sont impliqués dans la synthèse du peptidoglycane. Par conséquent, la connaissance de la structure de ces domaines chez Stk1 pourrait servir de base à la conception rationnelle de nouveaux inhibiteurs à visées thérapeutiques. Enfin, nous avons démontré que l’activité de l’un des substrats de Stk1, la triosephosphate isomérase, pouvait être régulée par phosphorylation/déphosphorylation et nous avons décrit le mécanisme qui contrôle son activation/inactivation réversible.

FAYE Clément [23-10-2009] Dir : S. RICARD-BLUM 

Le réseau d’interactions de l’endostatine, une matricryptine du collagène XVIII.

PHD University
 

Resume :
L’endostatine est le fragment C-terminal du collagène XVIII libéré dans la matrice extracellulaire par clivage enzymatique. C’est un inhibiteur endogène de l’angiogenèse et de la croissance tumorale. L’endostatine inhibe la prolifération et la migration des cellules endothéliales induite par le Fibroblast Growth Factor-2 ou le Vascular Endothelial Growth Factor et elle inhibe la croissance de 65 types de cellules tumorales. L’endostatine fait actuellement l’objet d’essais cliniques pour le traitement de différents cancers son mécanisme d’action est encore mal connu. Nous avons caractérisé par résonance plasmonique de surface (SPR) les interactions établies par l’endostatine avec les intégrines avb3 et a5b1 qui sont surexprimées à la surface des cellules endothéliales activée. Nous avons identifié le site de fixation l’endostatine sur les intégrines, proposé un modèle de structure du complexe formé par l’endostatine et l’intégrine avb3 et montré que l’endostatine ne peut pas se lier simultanément aux intégrines et aux chaînes d’héparane sulfate présentes à la surface cellulaire. Pour identifier des partenaires supplémentaires de l’endostatine, nous avons développé des puces à protéines et à glycosaminoglycanes basées sur la SPR et capables de suivre jusqu’à 400 interactions simultanément. Nous avons identifié neuf partenaires de l’endostatine (le dermatane sulfate, la transglutaminase-2, les collagènes I, IV et VI, le peptide amyloïde b1-42, et des protéines matricellulaires dont SPARC et thrombospondine-1). Nous avons montré que l’endostatine se fixe avec une forte affinité (KD 6 nM) sur la transglutaminase-2 et que cette interaction nécessite la présence de calcium mais que l’endostatine n’est pas un substrat donneur d’acyle de l’enzyme. Nous avons montré que le réseau d’interactions de l’endostatine est enrichi en protéines contenant des modules EGF (Epidermal Growth Factor). Cela offre de nouvelles perspectives pour l’identification d’autres partenaires et donc de nouvelles fonctions de l’endostatine. Des protéines contenant des modules EGF comme la fibrilline-1, composant des fibres élastiques, et des protéines de l’immunité innée par exemple sont des partenaires potentiels de l’endostatine.

GUILLEMIN Yannis [23-10-2009] Dir : A. AOUACHERIA/ G. GILLET 

Etude du mécanisme d’action des régulateurs d’apoptose de la famille Bcl-2. Cas particulier du facteur de survie maternel BCL2L10

PHD University
 

Resume :
La voie mitochondriale d’apoptose est définie par un évènement majeur : la perméabilisation de la membrane mitochondriale externe, qui conduit à la libération dans le cytoplasme de protéines toxiques. L’intégrité de cette membrane est sous le contrôle des protéines de la famille Bcl-2. Celles-ci sont soit pro- soit anti-apoptotiques et régulent l’apoptose par un mécanisme encore mal compris. En plus de présenter un intérêt pour la compréhension du processus apoptotique, le décryptage du mécanisme d’action et du patron d’expression des protéines de la famille Bcl-2 peut permettre d’ouvrir de nouvelles pistes thérapeutiques. Un premier volet de notre travail a visé à éclaircir le mode d’action de ces protéines en se focalisant sur les déterminants structuraux régissant leur interaction avec les membranes. Pour cela, nous avons caractérisé l’effet de peptides dérivés des régions centrales d’insertion membranaire de Bax, Bid (deux protéines pro-apoptotiques) et Bcl-xL (anti-apoptotique) sur des monocouches de Langmuir et à l’aide de mitochondries isolées. Nous avons montré que les peptides dérivés de Bax étaient plus efficaces que des peptides équivalents de Bid ou Bcl-xL pour s’insérer, induire une réorganisation des lipides et perforer les membranes de mitochondries purifiées. Notre approche réductionniste a mis en évidence que les régions centrales des protéines de la famille Bcl-2, bien qu’homologues structuralement, avaient des comportements membranaires distincts, reflétant leur divergence fonctionnelle. Le second volet de notre thèse a concerné l’expression de Bcl2l10, un membre divergent de la famille Bcl-2, au niveau des tissus endogènes chez l’humain, et la mise en évidence de ses partenaires d’interaction. Nous avons montré que le gène Bcl2l10 était abondamment et spécifiquement exprimé dans l’ovocyte humain, révélant un profil d’expression conservé au plan de l’évolution. En outre, nos résultats ont montrés que la localisation subcellulaire de la protéine Bcl2l10, en particulier au niveau des mitochondries, pourraient impliquer une voie dépendante des microtubules et de TCTP, un partenaire d’interaction identifié au cours de notre travail. Notre étude suggère un rôle pour le facteur maternel Bcl2l10 dans la survie et la maturation des cellules germinales chez la femme et une influence possible sur les mécanismes de fertilité dans l’espèce humaine.

DIDIER Jean-Philippe [22-10-2009] Dir : B. DUCLOS 

Rôle des sérine/thréonine protéine-kinases dans la virulence de Staphylococcus aureus.

PHD University
 

Resume :
Ce travail porte sur l’étude des mécanismes de phosphorylation des protéines par les sérine/thréonine kinases chez Staphylococcus aureus. Nous avons tout d’abord mis en évidence et caractérisé une seconde Ser/Thr kinase, nommée Stk2. Cette kinase présente peu d’homologies avec les autres Ser/Thr kinases bactériennes décrites à ce jour, en particulier avec la première Ser/Thr kinase mise en évidence chez S. aureus, Stk1. Nous avons ensuite caractérisé dix sites d’autophosphorylation de Stk2 et nous avons montré que trois sites, sont nécessaires à son activité. Enfin, nous avons montré que le régulateur global de virulence SarA est phosphorylé à la fois par Stk1 et Stk2. La phosphorylation de SarA influence sa capacité de liaison à l’ADN. L’étude au niveau moléculaire de ces Ser/Thr kinases vise à mieux appréhender le rôle de ces enzymes dans le métabolisme bactérien et, plus particulièrement, dans la régulation de leur virulence.

LOQUET Antoine [20-10-2009] Dir : A. BOCKMANN 

Spectroscopie de RMN du Solide pour la détermination de structures de protéines

PHD University
 

Resume :
La RMN du Solide est une technique spectroscopique destinée à l’étude de protéines insolubles à une résolution atomique. L’étude structurale d’une grande partie des protéines, telles que les protéines membranaires ou les fibrilles, est ardue à cause du caractère insoluble et de la grande taille de ces protéines. Il est difficile de cristalliser ces protéines pour leur étude par rayons x, et leur taille et insolubilité empêchent souvent l’étude par RMN en solution. La RMN du Solide n’est pas limitée par la taille ou l’absence d’ordre structurale à grande échelle, et constitue ainsi une excellente alternative pour la détermination de structures tridimensionnelles de protéines telles que les protéines membranaires ou fibrillaires. Dans cette thèse nous présentons dans une première partie le développement d’expériences de RMN du Solide et de protocoles de calculs pour la détermination de structures de protéines insolubles à haute résolution. Ces méthodes sont appliquées pour déterminer la structure de la protéine Crh, qui est à ce jour la plus grande protéine dont la structure ait été déterminée par RMN du Solide. Ces résultats apportent une méthodologie pour étudier par RMN du Solide la structure de protéines insolubles et ouvre la voie à l’étude structurale de plus grands systèmes tels que les poly-protéines ou complexes protéine-membrane. Nous présentons ainsi dans la deuxième partie l’étude de l’assemblage moléculaire du prion de levure Ure2p. Dans la troisième partie, nous entrons dans la caractérisation structurale de peptides membranaires.

MOTS-CLES : RMN, calculs de structures, protéines fibrillaires, protéines membranaires

CANOVA Marc [16-09-2009] Dir : AJ COZZONE/ V. MOLLE 

Caractérisation de nouveau substrat des sérine/thréonine protéine-kinase de Dycobacterium tuberculosis

PHD University
 

Resume :
Les microorganismes possèdent un ensemble de mécanismes leur permettant de percevoir la nature et les modifications du milieu dans lequel ils évoluent, et d’adapter en conséquence leur métabolisme et leur physiologie. Chez les bactéries, il existe un système de régulation via la phosphorylation semblable à celui retrouvé classiquement chez les eucaryotes, qui permet la modification des protéines aux dépens de l’ATP sur un nombre restreint d’aminoacides : la sérine, la thréonine et la tyrosine. Le séquençage intégral du génome de Mycobacterium tuberculosis a permis de mettre en évidence l’existence de onze Sérine/Thréonine Protéine-Kinases (STPKs) chez cette bactérie. Bien que la quasi-totalité des STPKs aient été biochimiquement caractérisées, très peu de substrats endogènes ont pu être identifiés. Par conséquent, le rôle physiologique de ces couples kinase/substrat reste à élucider. Tout d’abord, les études réalisées au cours de ce travail ont concerné la caractérisation biochimique de la protéine-kinase PknL, ainsi que l’identification de ses substrats potentiels, et notamment la protéine Rv2175c. En effet, l’analyse de l’environnement génétique du gène pknL de la kinase a révélé la présence du gène adjacent rv2175c, pouvant ainsi représenter un substrat éventuel de PknL. Les différentes approches mises en oeuvre ont permis d’identifier cinq sites de phosphorylation sur PknL, et de mettre en évidence le caractère essentiel des résidus K48, T173 et T175 dans les mécanismes d’autophosphorylation de PknL et de phosphorylation de Rv2175c, confirmant ainsi Rv2175c comme substrat spécifique de PknL. Par ailleurs, la caractérisation par RMN de la structure de Rv2175c a permis de déterminer la fonction de cette protéine. Rv2175c possède toutes les caractéristiques structurales d’une protéine capable de fixer l’ADN. Des études fonctionnelles ont permis de confirmer la capacité de Rv2175c de fixer l’ADN et ont mis en évidence le mécanisme de régulation via phosphorylation régissant son activité de fixation. Ensuite, nous avons mis en évidence la phosphorylation des protéines chaperonnes mycobactériennes et, plus particulièrement, caractérisé GroEL1. Nous avons démontré que GroEL1 était phosphorylée par PknF, et identifié les résidus T25 et T54 comme étant les sites de phosphorylation de GroEL1. L’ensemble de cette étude nous a donc permis de caractériser de nouveaux substrats de phosphorylation chez M. tuberculosis, de mieux appréhender les interactions kinase/substrat et d’impliquer la phosphorylation dans la régulation de l’activité de ces substrats.

KHEMAKHEM  Bassem [10-04-2009] Dir : S. BEJAR & R. HASER 

Criblage, clonage et études des relations structure-fonction des amylases appliquées dans les industries du textile et de détergence

PHD University
 

Resume :
 

HEYMANN Michael [09-01-2009 Dir : G. DELEAGE 

Développements bioinformatiques en protéomique : Modifications post-traductionnelles et modélisation moléculaire

PHD University
 

Resume :
Les protéines sont les molécules fonctionnelles du Vivant : elles sont au centre de processus fondamentaux tels que la régulation de l’expression génétique, la reconnaissance immunitaire, la transduction du signal et la catalyse. Aussi représentent-elles des cibles thérapeutiques de choix. Il n’est par conséquent pas surprenant que des efforts considérables soient fournis pour étudier chacune de leur fonction. La compréhension des mécanismes sous-jacents à leur fonction passe par leur étude structurale. Pour ce faire, des méthodes expérimentales existent (RMN, diffraction des rayons X), donnant de très bons résultats, mais sont cependant peu adaptées aux rythmes imposés par les nouveaux standards à haut débit en génomique. Ainsi, de nombreuses stratégies bioinformatiques ont été développées afin de parvenir à modéliser la structure tridimensionnelle des protéines à partir de formalismes physico-chimiques et/ou grâce à des informations expérimentales présentes dans des banques de données. Cependant, ces méthodes ont toutes des lacunes dans le sens où il est actuellement toujours impossible de pouvoir modéliser avec précision la structure de l’ensemble des protéines dont les séquences sont connues. Parallèlement, la technique de la spectrométrie de masse est devenu incontournable en biologie. Elle est en effet à la base des études protéomiques, c’est-à-dire l’identifcation et la caractérisation de l’ensemble des protéines d’un compartiment donné, dans des conditions données, à un temps donné. Il a aussi été démontré qu’en l’associant à des techniques de réticulations chimiques, la spectrométrie de masse pouvait apporter des informations structurales sur les protéines. Cette thèse représente la partie bioinformatique d’un travail effectué en étroite collaboration avec des chimistes, et des massistes, visant à développer de nouvelles stratégies basées sur la technique des réticulations chimiques. D’une part, un nouvel outil informatique a été créé afin de pouvoir facilement analyser des données de masse obtenues à partir de protéines chimiquement réticulées. L’originalité de cet outil est de pouvoir tirer parti de données structurales, préalablement obtenues par de la modélisation mol éculaire par exemple, apportant ainsi une validation expérimentale d’un modèle théorique. D’autres part, nous avons exploré une approche permettant de déterminer les repliements protéiques qui seraient compatibles avec les contraintes de distances obtenues par réticulation chimique, ce qui pourrait avantageusement servir les méthodes de modélisation existantes.


2008

GARNIER Nicolas [10-10-2008 Dir : G. DELEAGE 

Mise en place d’un environnement bioinformatique d’évaluation et de prédiction de l’impact de mutations sur le phénotype de pathologies humaines.

PHD University
 

Resume :
Le travail réalisé au cours de cette thèse se focalise sur l’application, à haut débit, de méthodologies bioinformatiques pour étudier les relations genotype/phénotype dans le cadre du projet MS2PH (« de la mutation structurale au phénotype des pathologies humaines »). Nous nous sommes tout d’abord concentré sur la génération de modèles 3D par homologie à haut débit avec le système de génération et de gestion Modeome3D (http://modeome3d-pbil.ibcp.fr), puis, à la caractérisation des mutations dans un contexte fonctionnel et structural avec le développement de MAGOS (http://pig-pbil.ibcp.fr/magos/). Nous avons ensuite exploité les capacités intégratives de MAGOS et de modélisation de Modeome3D pour mettre en place MS2PH-db (http://ms2phdb-pbil.ibcp.fr/), une base de données dédiée aux protéines impliquées dans des maladies monogéniques humaines, qui intègre des données phénotypiques. Enfin, nous avons mis en place une méthode de prédiction utilisant réseaux de neurones et SVM pour prédire l’impact phénotypique d’une mutation.

NEEL Benjamin [03-10-2008 Dir : G. GILLET 

Mécanismes de la transformation néoplasique par l’oncogène v-src - Caractérisation du lithium comme agent inhibiteur de la transformation induite par l’oncoprotéine p60v-src

PHD University
 

Resume :
La tyrosine kinase p60^v-src est impliquée dans près de 80% des cancers du colon. Bien que p60^c-src ne soit pas impliquée dans l’apparition des lésions primaires, elle intervient dans la progression tumorale en favorisant la migration, la survie des cellules et donc, la formation de métastases. Durant notre travail de thèse, nous avons montré que seules les caspases sont impliquées dans la survie cellulaire alors que le protéasome est impliqué dans le changement morphologie observés suite à la transformation par /v-src/. Dans un deuxième temps nous avons montré que le lithium se comporte comme un inhibiteur de la transformation par /v-src/, sans changer pour autant l’activité de la kinase p60^v-src . Nous avons montré que le traitement par le lithium augmente l’activité des protéines tyrosines phosphatases/ via /le control du statut redox des cellules. Le bilan net est une diminution du contenu en protéines tyrosine phosphorylées et donc d’un blocage de la transformation néoplasique. Ce travail montre que le lithium pourrait être utilisé comme un nouvel outil d’étude voir un nouvel inhibiteur thérapeutique et propose des perspectives pour de nouvelles stratégies afin de bloquer l’invasion des cellules tumorales surexprimant l’oncoprotéine p60^c-src . INTITULE ET

CREZE Christophe [30-05-2008 Dir : P.GOUET 

Etudes fonctionnelles et structurales de la nucléoline en complexe avec des acides nucléiques structurés en G-quartet et de la pectate-lyase PelI de la bactérie phytopathogène Erwinia chrysanthemi

PHD University
 

Resume :
La nucléoline est une protéine nucléolaire servant de marqueur des cellules cancéreuses et qui interagit avec des acides nucléiques. Le protocole de purification de divers fragments de cette protéine a été optimisé afin de l’adapter aux exigences d’une étude cristallographique. Une analyse de l’interaction de ces fragments avec diverses séquences d’ADN structurées en G-quartet a été réalisée par des méthodes biophysiques. Parallèlement, des essais de cristallisation ont été menés sur ces fragments seuls et en complexe avec des acides nucléiques. La structure d’un ADN structuré en Gquartet a été obtenue. La pectate lyase PelI d’E. chrysanthemi catalyse la dégradation de la pectine par un mécanisme de beta-élimination. Les structures de l’enzyme seule et en complexe avec un substrat, un acide tétragalacturonique, ont été déterminées. Divers mutants ont été produits, caractérisés et cristallisés, nous permettant de mieux comprendre le mécanisme réactionnel.


2007

POZZA  Alexandre [18-12-2007] Dir : A. DI PIETRO 

Surexpression hétérologue et purification du transporteur membranaire ABCG2 : mécanisme d’interaction avec des substrats et des inhibiteurs spécifiques

PHD University
 

PERROTTON  Thomas [14-12-2007] Dir : H. CORTAY-BAUBICHON 

Etude du transporteur de multiples drogues MRP1 : caractérisation des NBD, et étude de modulateurs conduisant à la mort des cellules surexprimant le transporteur

PHD University
 

TERREUX Raphaël [13-12-2007]

Modélisation moléculaire de complexes : molécule bioactive / biopolymère

HDR

LOMAS LOPEZ Rodrigo [04-12-2007] Dir : AJ COZZONE 

Phosphorylation des protéines chez Staphylococcus aureus : Etude d’une activité sérine/Threonine kinase.

PHD University
 

LACOUR Soline [05-11-2007] Dir : 

Rôle des tyrosine-kinases d’Escherichia coli dans la biosynthèse de l’acide colanique et dans la résistance aux antibiotiques de type polymyxine

PHD University
 

RATINIER Maxime [16-10-2007 Dir : LAVERGNE Jean-Pierre 

Les protéines alternatives de la protéine de capside du virus de l’hépatite C : détermination des mécanismes moléculaires impliqués dans leur expression et localisation cellulaire

PHD University
 

HUET-PECHEUR Eve-Isabelle [18-06-2007

Mécanismes moleculaires de la fusion membranaire : un parcours.

HDR
 

AGHAJARI Nushin [02-05-2007]

Habilitation à diriger des Recherches

HDR
 

GRANGEASSE Christophe [23-04-2007

Les BY-Kinases :une famille de protéine-tyrosine kinases spécifique des bactéries

HDR
 

MICHAUD Mickael [10-04-2007] Dir : L. BAGGETTO 

Pas de titre

PHD University
 

LALLE Philippe [16-03-2007

Habilitation à diriger des Recherches

HDR

2006

THIBAUT Julien [20-12-2006] Dir : G. GILLET 

Utilisation des aptamères peptidiques en recherche fondamentale et en recherche diagnostique.

PHD University
 

VERNOIS Antoine [11-10-2006 Dir : BLANCHET Christophe, DESPREZ Frédéric 

Ordonnancement et réplication de données bioinformatiques dans un contexte de grille de calcul.

PHD University
 

FOUCAULT Marine [06-07-2006] Dir : P. GOUET 

Caractérisation structurale de variants de l’activateur de transcription Tat du virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1)

PHD University
 

DO CAO Marie-Ange [04-07-2006] Dir : A DI PIETRO 

Etudes des interactions intra et inter moléculaires de BmrA, un transporteur ABC de multiples drogues chez Bacillus subtilis

PHD University
 

SAPAY Nicolas [11-01-2006 Dir : G. DELEAGE Gilbert & F. PENIN 

Les Peptides d’ancrage à l’Interface Membranaire : Analyse structurales par RMN et dynamique moléculaire et développement d’une méthode de prédiction bioinformatique

PHD University


2005

NOUVION Anne-Laure [20-12-2005] Dir : GILLET Germain 

Caractérisation fonctionnelle d’aptamères peptidiques dirigés contre la protéine anti-apoptotique Nr-13

PHD University
 

OBADIA Brice [19-12-2005] Dir : COZZONE Alain-Jean 

La phosphorylation sur la tyrosine chez Escherichia coli K12 : caractérisation biochimique et rôle physiologique.

PHD University
 

RAVAUD Stéphanie [09-12-2005 Dir : HASER Richard 

Etudes fonctionnelles et structurales d’un transporteur membranire de multiples drogues et de 2 saccharose isomérases bactériennes

PHD University
 

GIRAUD Nicolas [20-10-2005] Dir : PENIN François 

Développements Méthodologiques pour l’Analyse Structurale et Dynamique de Protéines par Résonance Magnétique Nucléaire du Solide.

PHD University
 

VIOLOT Sébastien [06-10-2005 Dir : HASER Richard 

Etudes fonctionnelles et structurales de la protéine EED, partenaire cellulaire du virus VIH-1 et de la cellulase « froide » Cel5G de Pseudoalteromonas haloplanktis

PHD University
 

DALMAS Olivier [29-06-2005 Dir : A di PIETRO / JM JAULT 

Caractérisation des changements de conformation chez bmrA, un transporteur ABC de multiples drogues chez Bacillus subtilis : exploitation des modèles structuraux

PHD University
 

BOCKMANN Anja [18-03-2005]

NMR studies of structure, dynamics and interactions of biomolecules

HDR
 

SOULAT Didier [15-02-2005] Dir : COZZONE Alain-Jean 

Phosphorylation des protéines au niveau de la tyrosine chez Staphylococcus aureus : mécanisme moléculaire et role biologique.

PHD University


2004

VENET Séverine [15-12-2004] Dir : GILLET Germain 

Modulation de l’activité de la protéine anti-apoptotique Nr13 par des aptamères peptidiques et caractérisation de son homologue humain Nrh.

PHD University
 

ARNAUD Estelle [15-10-2004] Dir : GILLET Germain 

Caractérisation de deux homologues de la protéine de survie Nr-13

PHD University
 

BOULANT Steeve [14-10-2004 Dir : LAVERGNE Jean-Pierre 

Caractérisation biochimique de la protéine de capside du virus de l’hépatite C, étude de domaine d’interaction avec les gouttelettes lipidiques et mise en évidence de formes alternatives

PHD University
 

GAYET Landry [09-07-2004] Dir : BAGGETTO Loris 

Rôle du cholestérol et de la cavéoline-1 sur la structure, l’activité et la fonction de la Glycoprotéine-P responsable du phénotype de multi-chimiorésistance des cancers.

PHD University
 

ORELLE Cédric [30-03-2004] Dir : A. Di PIETRO/ JM JAULT 

Mécanisme d’hydrolyse de l’ATP et de transport de drogues par BmrA, homologue bactérien de la glycoprotéine-P.

PHD University
 

LABIALLE Stéphane [10-03-2004] Dir : BAGGETTO Loris 

Elément invMED1 et complexe LRP130 d’activation du gène MDR1 humain : découverte et application à la génothérapie du phénotype de multi-chimiorésistance des cancers.

PHD University


2003

DASILVA Eric [12-12-2003] Dir : COLEMAN Anthony 

Calix-[n]-arène Solfonates : Propriétés Complexantes et Anti-coagulants
PHD University

JAULT Jean Michel [24-10-2003]

ATPases et GTPases bactériennes : transporteurs de multiples drogues et protéines orphelines.

HDR
 

PRENETA Rachel [05-10-2003] Dir : COZZONE Alain-Jean 

Contribution à l’étude de la phosphorylation des protéines chez trois espèces bactériennes

PHD University
 

TROMPIER Doriane [16-07-2003] Dir : A Di Pietro/H Cortay 

Etude du transporteur MRP1 humain responsable de la résistance de cellules cancéreuses à la chimiothérapie et recherche d’inhibiteurs spécifiques.

PHD University
 

JAMBON Martin [20-06-2003 Dir : GEOURJON Christophe 

Un outil bioinformatique de détection de similarités structuralers dans les structures 3D de protéines.

PHD University


2002

double precisionT Patricia [01-12-2002]

HDR

 

ERRAMI Mounir [20-11-2002 Dir : DELEAGE Gilbert 

Analyse statistique des structures tridimensionnelles des protéines et validation de familles structurales à bas taux d’identité

PHD University
 

SHAHGALDIAN  P [22-10-2002] Dir : COLEMAN Anthony 

Assemblages Supramoléculaire : Etude de l

PHD University
 

AOUACHERIA Abdel [13-09-2002 Dir : GILLET Germain 

Transformation cellulaire par l’oncogéne v-src et caractérisation des orthologues de la protéine de survie Nr-13

PHD University

ROBERT Xavier [07-06-2002 Dir : HASER Richard 

Etude cristallographique et fonctionnelle des isoenzymes de l’alpha amylase d’orge : leurs structures 3D en action révèlent des modes distincts dereconnaissances des polysaccahrides et de nouvelles molécules inhibitrices.

PHD University
 

GOUET Patrice [21-01-2002]

Détermination de la structure 3D de la catalase

HDR


2001

STEINFELS Emmanuelle [09-10-2001] Dir : DI PIETRO Attilio 

Caractérisation d’YvcC transporteur ABC de Bacillus subtilis impliqué dans le transpoort de multiples drogues et notamment d’antibiotiques

PHD University
 

DOUTEAU-GUEVEL Nathalie [01-10-2001] Dir : 

Etude structurale et thermodynamique de la complexation d’acides aminés et de peptides par les calix-arènes sulfonates

PHD University
 

COMBET Christophe [05-06-2001 Dir : DELEAGE Gilbert 

HCVDB : Unbe base de données de séquences du virus de l’hépatite C interconnectée au webiciel NPS@ d’outils bioinformatiques d’analyse de séquences et de structures

PHD University
 

MARTHINET Eric [07-02-2001] Dir : BAGGETTO Loris 

Modulation de phénotype typique de multichimiorésistance (MDR) des cellules cancéreuses humaines par des leurres transcriptionnels et étude de la régulation transcriptionnelle du gène MDR1 au niveau de la région MED-1

PHD University
 

TERRY Nicolas [01-01-2001] Dir : 

Synthèses et études physico-chimiques de nouvelles cylclodextrines amphiphiles

PHD University


2000

SCHMITT Jean-Robert [18-12-2000] Dir : GILLET Germain 

Régulation transcriptionnelle de Nr-13 par l’oncoprotéine v-src

PHD University
 

VINCENT Carole [15-12-2000] Dir : COZZONE Alain-Jean 

Contribution à l’étude de la phosphorylation des protéines bactériennes au niveau de la tyrosine:proposition d’un rôle biologique

PHD University
 

GEOURJON Christophe [11-12-2000

Bioinformatique structurale

HDR
 

GONZALO Philippe [28-09-2000] Dir : REBOUD Jean-Paul 

Contribution à l’étude de l’élongationau cours de la synthèse protéique chez les mamifères:Interaction entre le facteur EF-2 et les protéines P0, P1 et P2 du ribosome. Fixation de l’ATP sur EF-2. Phosphorylation de P2 par la GRK2.

PHD University
 

CONSEIL Gwanaëlle [20-09-2000] Dir : DI PIETRO Attilio 

Mécanisme des transporteurs ABC conférant la résistance pléiotropique aux drogues:comparaison des sytèmes de maimfères et de levure

PHD University