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Services Web (bioinformatique)

Serveur Web ESPript/ENDscript

Le serveur ESPript/ENDscript permet d’obtenir une large palette d’information 1D, 2D et 3D à partir d’une protéine de structure connue. Un fichier de coordonnées PDB peut être donné en entrée à ENDscript, qui utilise BLAST pour chercher des séquences homologues dans les banques de données UniProt ou PDBaa. Ces séquences sont ensuite alignées avec CLUSTAL. Puis, l’information de structure secondaire des séquences de protéines homologues de structure connue sont extraites avec DSSP et des fichiers images et (...)

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Base de données sur la famille Bcl-2

Cette BD est une collection de séquences et d’information structurales et fonctionnelles sur une des familles de protéines les plus étudiées en biologie cellulaire. Site Web : http://bcl2db.ibcp.fr/ Contact : a.aouacheria@ibcp.fr

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NPS@ : Network Protein Sequence Analysis

Le serveur intégré NPS@ propose de nombreuses méthodes d’analyses et donnent accès aux principales bases de données de séquences à jour. Ce serveur est interconnecté à plusieurs systèmes d’interrogation de bases de données par mots-clefs et est référencé par différents sites de bioinformatique à travers le monde dont le site ExPASy du ISB. Les analyses proviennent du monde entier avec pour répartitions principales : 25% pour la France, 34% pour le reste de l’Europe et 26% les Amériques (en moyenne 6491 (...)

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EuHCVdb : base de données Européenne de séquences du Virus de l’Hépatite C

La base de données européenne du VHC a été développée à l’IBCP et est disponible pour la communauté internationale. Cette base de données a été développée grace aux soutiens du Réseau National Hépatites (1998) et du contrat européen HepCvax et du NOE VirGIL. Site Web : http://euhcvdb.ibcp.fr/ Contact : c.combet@ibcp.fr

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