D'une manière générale, les recherches effectuées à l'IBCP ont pour but d'étudier les protéines dans leur contexte biologique. Ces recherches concernent à la fois les protéines intracellulaires et les protéines extracellulaires des organismes procaryotes et eucaryotes. Elles portent principalement sur l'étude de leur biosynthèse, de leur maturation et de leurs interactions. Elles visent à élucider leur organisation dans l'espace et leur activité biologique, et à appréhender à l'échelle moléculaire les relations existant entre leur structure et leur fonction.

La réalisation de cet objectif implique la mise en oeuvre d'approches conceptuelles et expérimentales de nature multiple et diverse, et nécessite, pour cela, de faire appel à des équipes, françaises et étrangères, travaillant de manière coordonnée et complémentaire. En réalisant ce regroupement, l'IBCP permet à ces équipes de :

- concentrer leurs moyens et leurs compétences pour atteindre un meilleur niveau d'efficacité

- dynamiser leurs recherches en favorisant les interfaces entre des disciplines telles que la Biologie Moléculaire, la Biochimie, la Biologie Cellulaire, la Chimie, la Biophysique, les Biotechnologies, la Biologie structurale et la Bioinformatique

- catalyser l'émergence d'actions collaboratives et de nouveaux thèmes de recherche

- augmenter leur potentiel technique et matériel, notamment par l'acquisition d'équipements lourds et mi-lourds destinés à une utilisation en commun

- créer un pôle d'attraction pour des chercheurs de qualité

- amplifier les ouvertures vers d'autres structures de recherche et vers les entreprises industrielles à l'échelle régionale, nationale et internationale