L'IBCP est impliqué dans de nombreux enseignements (Biochimie, Biologie cellulaire, Biologie structurale, BioInformatique) des principaux cycles de l'Université Claude Bernard Lyon1. De plus, l'IBCP a largement contribué à l'élaboration de la maquette des Masters de Biochimie, Biologie, Génétique et Biologie de la cellule, Mathématiques et Informatique du Vivant (MIV) de la réforme LMD (Licence, Master, Doctorat). En outre, les équipes de l'IBCP sont équipes d'accueil dans le cadre de 2 écoles doctorales:

Ecole Interdisciplinaire Sciences Santé ou EDISS (Directeur :Pr. D. Revel) 

Biologie Moléculaire Intégrative et Cellulaire ou BMIC (Directeur : Dr. T. Gaude) 

De nombreux masters sont affilliés à ces 2 écoles doctorales.