2009
MACALOU Sira [11-12-2009] Dir : A. DI PIETRO
Le transporteur ABCG2 : rôle d’une séquence spécifique et recherche d’inhibiteurs sélectifs
PHD University
Resume :
Au cours de chimiothérapies, les cellules cancéreuses parviennent fréquemment à échapper
aux effets toxiques des médicaments en développant des mécanismes de chimiorésistance qui
résultent souvent de la présence d’un système d’efflux de ces médicaments. Cette
chimiorésistance est corrélée à un phénomène appelé « phénotype MDR » pour (MultiDrug
Resistance) et associé à la surexpression d’ATPases membranaires appartenant aux
transporteurs ABC (ATP Binding Cassette). Le transporteur ABCG2 fait partie de cette
grande famille de protéines. Un alignement de séquence a permis l’identification chez
ABCG2 une séquence spécifique (LSGGE) très semblable à la séquence signature (VSGGE)
de tous les transporteurs ABC. La mutation ponctuelle des résidus de cette séquence en
alanine a produit une perte importante de fonction des mutants L352A et S353A, observée au
niveau du transport et de l’activité ATPasique. Des relations structure-activité établies à partir
de différents composés de la famille des flavonoïdes ont permis d’identifier MBLI 97,
boéravinone G, MHT et ABI comme des composés puissants et spécifiques, capables d’abolir
la résistance à de multiples drogues et chimiosensibiliser la croissance cellulaire. Le ciblage
de séquences spécifiques et l’utilisation d’inhibiteurs spécifiques de ces transporteurs
constituent des stratégies destinées à contrer la chimiorésistance et augmenter l’efficacité des
traitements chimiothérapeutiques.
JEBORS Said [02-12-2009] Dir : A. COLEMAN
Chimie et Biochimie de para-acyl-calix[n]arenes
PHD University
Resume :
Les para-acyl-calix[n]arènes possèdent d’énormes capacités d’auto-assemblage dans une
grande variété de structures et de tailles allant des assemblages moléculaires incluant des
capsules dimérique, des feuillets moléculaires aux nanoparticules, et à un niveau supérieur à
des films macroscopiques. Tous ces assemblages sont capables d’accepter des molécules
« invités » allant des classiques complexes d’inclusion « host-guest » à l’absorption de gaz
dans des matériaux non-poreux. À l’interface air-eau, soit comme des monocouches de
Langmuir ou des suspensions colloïdales, les para-acyl-calix[n]arenes peuvent interagir avec
des espèces ioniques, des protéines et des lipides.
Une extension des études menées des para-acyl-calix[4]arenes aux para-acylcalix[
6,8,9]arenes a fait l’objet d’une partie de ce travail. La miscibilité de certains dérivés du
para-acyl-calixar[6]ènes dans des monocouches mixtes avec certains phospholipides a été
étudiée par la méthode de films de Langmuir.
Les études menées sur les propriétés biologiques de dérivés du para-acyl-calix[8]arènes ce
sont révélées prometteuses, avec une absence de toxicité hémolytique, ainsi qu’une activité
anticoagulante pour deux des dérivés anioniques.
L’analyse d’un large éventail de paramètres sur la stabilité de SLNs de para-acyl-calix[9]
arene ouvre la perspective du développement de ces transporteurs pour des applications
biomédicales.
Ainsi, le para-acyl calix[n]arènes représentent l’une des classes les plus polyvalents des
dérivés du calix[n]arene.
PARACUELLOS Patricia [01-12-2009]
Dir : AJ. COZZONE
Etude structurale et fonctionnelle d’une serine/thréonine kinase de staphylococcus aureus.
PHD University
Resume :
Les réactions de phosphorylation/déphosphorylation chez les bactéries régulent plusieurs
fonctions cellulaires telles que croissance, différenciation, pathogénie, résistance aux
antibiotiques, réponse au stress, formation du biofilm ainsi que plusieurs processus impliqués
dans le métabolisme secondaire. Cependant, les signaux qui pourraient déclencher la cascade
de signalisation par phosphorylation/déphosphorylation intracellulaire restent encore peu
connus.
Staphylococcus aureus est une bactérie à Gram positif pathogène pour l’homme. Elle est l’une
des principales causes des infections nosocomiales et ce pathogène opportuniste est capable
de provoquer de multiples infections allant du furoncle à la septicémie.
Nos études se sont basées sur la caractérisation aux niveaux structural et fonctionnel de deux
protéines de cette bactérie : une Sérine/Thréonine kinase nommée Stk1 ainsi que l’un de ses
substrats, la triosephosphate isomérase (TIM).
Stk1 a déjà été identifiée comme responsable de la phosphorylation de plusieurs enzymes
impliquées dans le métabolisme central de la bactérie ainsi que dans les phénomènes de
virulence et de résistance à l’antibiotique phosphomycine. Cependant, à ce jour, aucune
caractérisation structurale n’a été conduite sur cette kinase. Nous avons ainsi mené une étude
cristallographique de plusieurs domaines de cette protéine et nous présentons plus
particulièrement la structure de trois domaines extracellulaires dits « PASTA », ainsi qu’un
modèle tridimensionnel de la protéine entière.
Les domaines PASTA sont spécifiques des Ser/Thr kinases et des Penicillin-Binding Proteins
(PBP’s) et sont impliqués dans la synthèse du peptidoglycane. Par conséquent, la
connaissance de la structure de ces domaines chez Stk1 pourrait servir de base à la conception
rationnelle de nouveaux inhibiteurs à visées thérapeutiques.
Enfin, nous avons démontré que l’activité de l’un des substrats de Stk1, la triosephosphate
isomérase, pouvait être régulée par phosphorylation/déphosphorylation et nous avons décrit le
mécanisme qui contrôle son activation/inactivation réversible.
FAYE Clément [23-10-2009] Dir : S. RICARD-BLUM
Le réseau d’interactions de l’endostatine, une matricryptine du collagène XVIII.
PHD University
Resume :
L’endostatine est le fragment C-terminal du collagène XVIII libéré dans la matrice
extracellulaire par clivage enzymatique. C’est un inhibiteur endogène de l’angiogenèse et de
la croissance tumorale. L’endostatine inhibe la prolifération et la migration des cellules
endothéliales induite par le Fibroblast Growth Factor-2 ou le Vascular Endothelial Growth
Factor et elle inhibe la croissance de 65 types de cellules tumorales. L’endostatine fait
actuellement l’objet d’essais cliniques pour le traitement de différents cancers son mécanisme
d’action est encore mal connu. Nous avons caractérisé par résonance plasmonique de surface
(SPR) les interactions établies par l’endostatine avec les intégrines avb3 et a5b1 qui sont
surexprimées à la surface des cellules endothéliales activée. Nous avons identifié le site de
fixation l’endostatine sur les intégrines, proposé un modèle de structure du complexe formé
par l’endostatine et l’intégrine avb3 et montré que l’endostatine ne peut pas se lier
simultanément aux intégrines et aux chaînes d’héparane sulfate présentes à la surface
cellulaire. Pour identifier des partenaires supplémentaires de l’endostatine, nous avons
développé des puces à protéines et à glycosaminoglycanes basées sur la SPR et capables de
suivre jusqu’à 400 interactions simultanément. Nous avons identifié neuf partenaires de
l’endostatine (le dermatane sulfate, la transglutaminase-2, les collagènes I, IV et VI, le peptide
amyloïde b1-42, et des protéines matricellulaires dont SPARC et thrombospondine-1). Nous
avons montré que l’endostatine se fixe avec une forte affinité (KD 6 nM) sur la
transglutaminase-2 et que cette interaction nécessite la présence de calcium mais que
l’endostatine n’est pas un substrat donneur d’acyle de l’enzyme. Nous avons montré que le
réseau d’interactions de l’endostatine est enrichi en protéines contenant des modules EGF
(Epidermal Growth Factor). Cela offre de nouvelles perspectives pour l’identification d’autres
partenaires et donc de nouvelles fonctions de l’endostatine. Des protéines contenant des
modules EGF comme la fibrilline-1, composant des fibres élastiques, et des protéines de
l’immunité innée par exemple sont des partenaires potentiels de l’endostatine.
GUILLEMIN Yannis [23-10-2009] Dir : A. AOUACHERIA/ G. GILLET
Etude
du mécanisme d’action des régulateurs d’apoptose de la famille Bcl-2.
Cas particulier du facteur de survie maternel BCL2L10
PHD University
Resume :
La voie mitochondriale d’apoptose est définie par un évènement majeur : la perméabilisation de
la membrane mitochondriale externe, qui conduit à la libération dans le cytoplasme de
protéines toxiques. L’intégrité de cette membrane est sous le contrôle des protéines de la
famille Bcl-2. Celles-ci sont soit pro- soit anti-apoptotiques et régulent l’apoptose par un
mécanisme encore mal compris. En plus de présenter un intérêt pour la compréhension du
processus apoptotique, le décryptage du mécanisme d’action et du patron d’expression des
protéines de la famille Bcl-2 peut permettre d’ouvrir de nouvelles pistes thérapeutiques. Un
premier volet de notre travail a visé à éclaircir le mode d’action de ces protéines en se
focalisant sur les déterminants structuraux régissant leur interaction avec les membranes. Pour
cela, nous avons caractérisé l’effet de peptides dérivés des régions centrales d’insertion
membranaire de Bax, Bid (deux protéines pro-apoptotiques) et Bcl-xL (anti-apoptotique) sur
des monocouches de Langmuir et à l’aide de mitochondries isolées. Nous avons montré que les
peptides dérivés de Bax étaient plus efficaces que des peptides équivalents de Bid ou Bcl-xL
pour s’insérer, induire une réorganisation des lipides et perforer les membranes de
mitochondries purifiées. Notre approche réductionniste a mis en évidence que les régions
centrales des protéines de la famille Bcl-2, bien qu’homologues structuralement, avaient des
comportements membranaires distincts, reflétant leur divergence fonctionnelle. Le second volet
de notre thèse a concerné l’expression de Bcl2l10, un membre divergent de la famille Bcl-2, au
niveau des tissus endogènes chez l’humain, et la mise en évidence de ses partenaires
d’interaction. Nous avons montré que le gène Bcl2l10 était abondamment et spécifiquement
exprimé dans l’ovocyte humain, révélant un profil d’expression conservé au plan de
l’évolution. En outre, nos résultats ont montrés que la localisation subcellulaire de la protéine
Bcl2l10, en particulier au niveau des mitochondries, pourraient impliquer une voie dépendante
des microtubules et de TCTP, un partenaire d’interaction identifié au cours de notre travail.
Notre étude suggère un rôle pour le facteur maternel Bcl2l10 dans la survie et la maturation des
cellules germinales chez la femme et une influence possible sur les mécanismes de fertilité dans
l’espèce humaine.
DIDIER Jean-Philippe [22-10-2009] Dir : B. DUCLOS
Rôle des sérine/thréonine protéine-kinases dans la virulence de Staphylococcus aureus.
PHD University
Resume :
Ce travail porte sur l’étude des mécanismes de phosphorylation des protéines par les
sérine/thréonine kinases chez Staphylococcus aureus. Nous avons tout d’abord mis en
évidence et caractérisé une seconde Ser/Thr kinase, nommée Stk2. Cette kinase présente peu
d’homologies avec les autres Ser/Thr kinases bactériennes décrites à ce jour, en particulier
avec la première Ser/Thr kinase mise en évidence chez S. aureus, Stk1. Nous avons ensuite
caractérisé dix sites d’autophosphorylation de Stk2 et nous avons montré que trois sites, sont
nécessaires à son activité. Enfin, nous avons montré que le régulateur global de virulence
SarA est phosphorylé à la fois par Stk1 et Stk2. La phosphorylation de SarA influence sa
capacité de liaison à l’ADN. L’étude au niveau moléculaire de ces Ser/Thr kinases vise à
mieux appréhender le rôle de ces enzymes dans le métabolisme bactérien et, plus
particulièrement, dans la régulation de leur virulence.
LOQUET Antoine [20-10-2009] Dir : A. BOCKMANN
Spectroscopie de RMN du Solide pour la détermination de structures de protéines
PHD University
Resume :La RMN du Solide est une technique spectroscopique destinée à l’étude de protéines
insolubles à une résolution atomique. L’étude structurale d’une grande partie des protéines,
telles que les protéines membranaires ou les fibrilles, est ardue à cause du caractère insoluble
et de la grande taille de ces protéines. Il est difficile de cristalliser ces protéines pour leur
étude par rayons x, et leur taille et insolubilité empêchent souvent l’étude par RMN en
solution. La RMN du Solide n’est pas limitée par la taille ou l’absence d’ordre structurale à
grande échelle, et constitue ainsi une excellente alternative pour la détermination de structures
tridimensionnelles de protéines telles que les protéines membranaires ou fibrillaires.
Dans cette thèse nous présentons dans une première partie le développement d’expériences de
RMN du Solide et de protocoles de calculs pour la détermination de structures de protéines
insolubles à haute résolution. Ces méthodes sont appliquées pour déterminer la structure de la
protéine Crh, qui est à ce jour la plus grande protéine dont la structure ait été déterminée par
RMN du Solide.
Ces résultats apportent une méthodologie pour étudier par RMN du Solide la structure de
protéines insolubles et ouvre la voie à l’étude structurale de plus grands systèmes tels que les
poly-protéines ou complexes protéine-membrane. Nous présentons ainsi dans la deuxième
partie l’étude de l’assemblage moléculaire du prion de levure Ure2p. Dans la troisième partie,
nous entrons dans la caractérisation structurale de peptides membranaires.
MOTS-CLES : RMN, calculs de structures, protéines fibrillaires, protéines membranaires
CANOVA Marc [16-09-2009] Dir : AJ COZZONE/ V. MOLLE
Caractérisation de nouveau substrat des sérine/thréonine protéine-kinase de Dycobacterium tuberculosis
PHD University
Resume :
Les microorganismes possèdent un ensemble de mécanismes leur permettant de
percevoir la nature et les modifications du milieu dans lequel ils évoluent, et d’adapter en
conséquence leur métabolisme et leur physiologie. Chez les bactéries, il existe un système de
régulation via la phosphorylation semblable à celui retrouvé classiquement chez les
eucaryotes, qui permet la modification des protéines aux dépens de l’ATP sur un nombre
restreint d’aminoacides : la sérine, la thréonine et la tyrosine. Le séquençage intégral du
génome de Mycobacterium tuberculosis a permis de mettre en évidence l’existence de onze
Sérine/Thréonine Protéine-Kinases (STPKs) chez cette bactérie. Bien que la quasi-totalité des
STPKs aient été biochimiquement caractérisées, très peu de substrats endogènes ont pu être
identifiés. Par conséquent, le rôle physiologique de ces couples kinase/substrat reste à
élucider.
Tout d’abord, les études réalisées au cours de ce travail ont concerné la caractérisation
biochimique de la protéine-kinase PknL, ainsi que l’identification de ses substrats potentiels,
et notamment la protéine Rv2175c. En effet, l’analyse de l’environnement génétique du gène
pknL de la kinase a révélé la présence du gène adjacent rv2175c, pouvant ainsi représenter
un substrat éventuel de PknL. Les différentes approches mises en oeuvre ont permis
d’identifier cinq sites de phosphorylation sur PknL, et de mettre en évidence le caractère
essentiel des résidus K48, T173 et T175 dans les mécanismes d’autophosphorylation de PknL
et de phosphorylation de Rv2175c, confirmant ainsi Rv2175c comme substrat spécifique de
PknL. Par ailleurs, la caractérisation par RMN de la structure de Rv2175c a permis de
déterminer la fonction de cette protéine. Rv2175c possède toutes les caractéristiques
structurales d’une protéine capable de fixer l’ADN. Des études fonctionnelles ont permis de
confirmer la capacité de Rv2175c de fixer l’ADN et ont mis en évidence le mécanisme de
régulation via phosphorylation régissant son activité de fixation. Ensuite, nous avons mis en
évidence la phosphorylation des protéines chaperonnes mycobactériennes et, plus
particulièrement, caractérisé GroEL1. Nous avons démontré que GroEL1 était phosphorylée
par PknF, et identifié les résidus T25 et T54 comme étant les sites de phosphorylation de
GroEL1.
L’ensemble de cette étude nous a donc permis de caractériser de nouveaux substrats de
phosphorylation chez M. tuberculosis, de mieux appréhender les interactions kinase/substrat
et d’impliquer la phosphorylation dans la régulation de l’activité de ces substrats.
KHEMAKHEM Bassem [10-04-2009] Dir : S. BEJAR & R. HASER
Criblage,
clonage et études des relations structure-fonction des amylases
appliquées dans les industries du textile et de détergence
PHD University
Resume :
HEYMANN Michael [09-01-2009]
Dir : G. DELEAGE
Développements bioinformatiques en protéomique : Modifications post-traductionnelles et modélisation moléculaire
PHD University
Resume :
Les protéines sont les molécules fonctionnelles du Vivant : elles sont
au centre de processus fondamentaux tels que la régulation de l’expression
génétique, la reconnaissance immunitaire, la transduction du signal
et la catalyse. Aussi représentent-elles des cibles thérapeutiques de choix.
Il n’est par conséquent pas surprenant que des efforts considérables soient
fournis pour étudier chacune de leur fonction. La compréhension des mécanismes
sous-jacents à leur fonction passe par leur étude structurale. Pour ce
faire, des méthodes expérimentales existent (RMN, diffraction des rayons
X), donnant de très bons résultats, mais sont cependant peu adaptées aux
rythmes imposés par les nouveaux standards à haut débit en génomique.
Ainsi, de nombreuses stratégies bioinformatiques ont été développées afin de
parvenir à modéliser la structure tridimensionnelle des protéines à partir de
formalismes physico-chimiques et/ou grâce à des informations expérimentales
présentes dans des banques de données. Cependant, ces méthodes ont
toutes des lacunes dans le sens où il est actuellement toujours impossible
de pouvoir modéliser avec précision la structure de l’ensemble des protéines
dont les séquences sont connues.
Parallèlement, la technique de la spectrométrie de masse est devenu incontournable
en biologie. Elle est en effet à la base des études protéomiques,
c’est-à-dire l’identifcation et la caractérisation de l’ensemble des protéines
d’un compartiment donné, dans des conditions données, à un temps donné.
Il a aussi été démontré qu’en l’associant à des techniques de réticulations
chimiques, la spectrométrie de masse pouvait apporter des informations
structurales sur les protéines.
Cette thèse représente la partie bioinformatique d’un travail effectué en
étroite collaboration avec des chimistes, et des massistes, visant à développer
de nouvelles stratégies basées sur la technique des réticulations chimiques.
D’une part, un nouvel outil informatique a été créé afin de pouvoir
facilement analyser des données de masse obtenues à partir de protéines chimiquement
réticulées. L’originalité de cet outil est de pouvoir tirer parti de
données structurales, préalablement obtenues par de la modélisation mol
éculaire par exemple, apportant ainsi une validation expérimentale d’un
modèle théorique. D’autres part, nous avons exploré une approche permettant
de déterminer les repliements protéiques qui seraient compatibles avec
les contraintes de distances obtenues par réticulation chimique, ce qui pourrait
avantageusement servir les méthodes de modélisation existantes.
2008
GARNIER Nicolas [10-10-2008]
Dir : G. DELEAGE
Mise
en place d’un environnement bioinformatique d’évaluation et de
prédiction de l’impact de mutations sur le phénotype de pathologies
humaines.
PHD University
Resume :Le travail réalisé au cours de cette thèse se focalise sur l’application, à haut débit, de
méthodologies bioinformatiques pour étudier les relations genotype/phénotype dans le cadre
du projet MS2PH (« de la mutation structurale au phénotype des pathologies humaines »).
Nous nous sommes tout d’abord concentré sur la génération de modèles 3D par homologie à
haut débit avec le système de génération et de gestion Modeome3D (
http://modeome3d-pbil.ibcp.fr), puis, à la caractérisation des mutations dans un contexte fonctionnel et structural
avec le développement de MAGOS (
http://pig-pbil.ibcp.fr/magos/). Nous avons ensuite
exploité les capacités intégratives de MAGOS et de modélisation de Modeome3D pour mettre
en place MS2PH-db (
http://ms2phdb-pbil.ibcp.fr/), une base de données dédiée aux protéines
impliquées dans des maladies monogéniques humaines, qui intègre des données
phénotypiques. Enfin, nous avons mis en place une méthode de prédiction utilisant réseaux de
neurones et SVM pour prédire l’impact phénotypique d’une mutation.
NEEL Benjamin [03-10-2008]
Dir : G. GILLET
Mécanismes
de la transformation néoplasique par l’oncogène v-src - Caractérisation
du lithium comme agent inhibiteur de la transformation induite par
l’oncoprotéine p60v-src
PHD University
Resume :
La tyrosine kinase p60^v-src est impliquée dans près de 80% des cancers du colon. Bien que
p60^c-src ne soit pas impliquée dans l’apparition des lésions primaires, elle intervient dans la
progression tumorale en favorisant la migration, la survie des cellules et donc, la formation de
métastases. Durant notre travail de thèse, nous avons montré que seules les caspases sont
impliquées dans la survie cellulaire alors que le protéasome est impliqué dans le changement
morphologie observés suite à la transformation par /v-src/. Dans un deuxième temps nous
avons montré que le lithium se comporte comme un inhibiteur de la transformation par /v-src/,
sans changer pour autant l’activité de la kinase p60^v-src . Nous avons montré que le
traitement par le lithium augmente l’activité des protéines tyrosines phosphatases/ via /le
control du statut redox des cellules. Le bilan net est une diminution du contenu en protéines
tyrosine phosphorylées et donc d’un blocage de la transformation néoplasique. Ce travail
montre que le lithium pourrait être utilisé comme un nouvel outil d’étude voir un nouvel
inhibiteur thérapeutique et propose des perspectives pour de nouvelles stratégies afin de
bloquer l’invasion des cellules tumorales surexprimant l’oncoprotéine p60^c-src .
INTITULE ET
CREZE Christophe [30-05-2008]
Dir : P.GOUET
Etudes
fonctionnelles et structurales de la nucléoline en complexe avec des
acides nucléiques structurés en G-quartet et de la pectate-lyase PelI de
la bactérie phytopathogène Erwinia chrysanthemi
PHD University
Resume :
La nucléoline est une protéine nucléolaire servant de marqueur des cellules
cancéreuses et qui interagit avec des acides nucléiques. Le protocole de
purification de divers fragments de cette protéine a été optimisé afin de
l’adapter aux exigences d’une étude cristallographique. Une analyse de
l’interaction de ces fragments avec diverses séquences d’ADN structurées en
G-quartet a été réalisée par des méthodes biophysiques. Parallèlement, des
essais de cristallisation ont été menés sur ces fragments seuls et en
complexe avec des acides nucléiques. La structure d’un ADN structuré en Gquartet
a été obtenue.
La pectate lyase PelI d’E. chrysanthemi catalyse la dégradation de la pectine
par un mécanisme de beta-élimination. Les structures de l’enzyme seule et en
complexe avec un substrat, un acide tétragalacturonique, ont été
déterminées. Divers mutants ont été produits, caractérisés et cristallisés,
nous permettant de mieux comprendre le mécanisme réactionnel.
2007
POZZA Alexandre [18-12-2007] Dir : A. DI PIETRO
Surexpression
hétérologue et purification du transporteur membranaire ABCG2 :
mécanisme d’interaction avec des substrats et des inhibiteurs
spécifiques
PHD University
PERROTTON Thomas [14-12-2007] Dir : H. CORTAY-BAUBICHON
Etude
du transporteur de multiples drogues MRP1 : caractérisation des NBD, et
étude de modulateurs conduisant à la mort des cellules surexprimant le
transporteur
PHD University
TERREUX Raphaël [13-12-2007]
Modélisation moléculaire de complexes : molécule bioactive / biopolymère
HDR
LOMAS LOPEZ Rodrigo [04-12-2007] Dir : AJ COZZONE
Phosphorylation des protéines chez Staphylococcus aureus : Etude d’une activité sérine/Threonine kinase.
PHD University
LACOUR Soline [05-11-2007] Dir :
Rôle
des tyrosine-kinases d’Escherichia coli dans la biosynthèse de l’acide
colanique et dans la résistance aux antibiotiques de type polymyxine
PHD University
RATINIER Maxime [16-10-2007]
Dir : LAVERGNE Jean-Pierre
Les
protéines alternatives de la protéine de capside du virus de l’hépatite
C : détermination des mécanismes moléculaires impliqués dans leur
expression et localisation cellulaire
PHD University
HUET-PECHEUR Eve-Isabelle [18-06-2007] 
Mécanismes moleculaires de la fusion membranaire : un parcours.
HDR
AGHAJARI Nushin [02-05-2007]
Habilitation à diriger des Recherches
HDR
GRANGEASSE Christophe [23-04-2007] 
Les BY-Kinases :une famille de protéine-tyrosine kinases spécifique des bactéries
HDR
MICHAUD Mickael [10-04-2007] Dir : L. BAGGETTO
Pas de titre
PHD University
LALLE Philippe [16-03-2007] 
Habilitation à diriger des Recherches
HDR
2006
THIBAUT Julien [20-12-2006] Dir : G. GILLET
Utilisation des aptamères peptidiques en recherche fondamentale et en recherche diagnostique.
PHD University
VERNOIS Antoine [11-10-2006]
Dir : BLANCHET Christophe, DESPREZ Frédéric
Ordonnancement et réplication de données bioinformatiques dans un contexte de grille de calcul.
PHD University
FOUCAULT Marine [06-07-2006] Dir : P. GOUET
Caractérisation
structurale de variants de l’activateur de transcription Tat du virus
de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1)
PHD University
DO CAO Marie-Ange [04-07-2006] Dir : A DI PIETRO
Etudes des interactions intra et inter moléculaires de BmrA, un transporteur ABC de multiples drogues chez Bacillus subtilis
PHD University
SAPAY Nicolas [11-01-2006]
Dir : G. DELEAGE Gilbert & F. PENIN
Les
Peptides d’ancrage à l’Interface Membranaire : Analyse structurales par
RMN et dynamique moléculaire et développement d’une méthode de
prédiction bioinformatique
PHD University
2005
NOUVION Anne-Laure [20-12-2005] Dir : GILLET Germain
Caractérisation fonctionnelle d’aptamères peptidiques dirigés contre la protéine anti-apoptotique Nr-13
PHD University
OBADIA Brice [19-12-2005] Dir : COZZONE Alain-Jean
La phosphorylation sur la tyrosine chez Escherichia coli K12 : caractérisation biochimique et rôle physiologique.
PHD University
RAVAUD Stéphanie [09-12-2005]
Dir : HASER Richard
Etudes
fonctionnelles et structurales d’un transporteur membranire de
multiples drogues et de 2 saccharose isomérases bactériennes
PHD University
GIRAUD Nicolas [20-10-2005] Dir : PENIN François
Développements
Méthodologiques pour l’Analyse Structurale et Dynamique de Protéines
par Résonance Magnétique Nucléaire du Solide.
PHD University
VIOLOT Sébastien [06-10-2005]
Dir : HASER Richard
Etudes
fonctionnelles et structurales de la protéine EED, partenaire
cellulaire du virus VIH-1 et de la cellulase « froide » Cel5G de
Pseudoalteromonas haloplanktis
PHD University
DALMAS Olivier [29-06-2005]
Dir : A di PIETRO / JM JAULT
Caractérisation
des changements de conformation chez bmrA, un transporteur ABC de
multiples drogues chez Bacillus subtilis : exploitation des modèles
structuraux
PHD University
BOCKMANN Anja [18-03-2005]
NMR studies of structure, dynamics and interactions of biomolecules
HDR
SOULAT Didier [15-02-2005] Dir : COZZONE Alain-Jean
Phosphorylation des protéines au niveau de la tyrosine chez Staphylococcus aureus : mécanisme moléculaire et role biologique.
PHD University
2004
VENET Séverine [15-12-2004] Dir : GILLET Germain
Modulation
de l’activité de la protéine anti-apoptotique Nr13 par des aptamères
peptidiques et caractérisation de son homologue humain Nrh.
PHD University
ARNAUD Estelle [15-10-2004] Dir : GILLET Germain
Caractérisation de deux homologues de la protéine de survie Nr-13
PHD University
BOULANT Steeve [14-10-2004]
Dir : LAVERGNE Jean-Pierre
Caractérisation
biochimique de la protéine de capside du virus de l’hépatite C, étude
de domaine d’interaction avec les gouttelettes lipidiques et mise en
évidence de formes alternatives
PHD University
GAYET Landry [09-07-2004] Dir : BAGGETTO Loris
Rôle
du cholestérol et de la cavéoline-1 sur la structure, l’activité et la
fonction de la Glycoprotéine-P responsable du phénotype de
multi-chimiorésistance des cancers.
PHD University
ORELLE Cédric [30-03-2004] Dir : A. Di PIETRO/ JM JAULT
Mécanisme d’hydrolyse de l’ATP et de transport de drogues par BmrA, homologue bactérien de la glycoprotéine-P.
PHD University
LABIALLE Stéphane [10-03-2004] Dir : BAGGETTO Loris
Elément
invMED1 et complexe LRP130 d’activation du gène MDR1 humain :
découverte et application à la génothérapie du phénotype de
multi-chimiorésistance des cancers.
PHD University
2003
DASILVA Eric [12-12-2003] Dir : COLEMAN Anthony
Calix-[n]-arène Solfonates : Propriétés Complexantes et Anti-coagulants
PHD University
JAULT Jean Michel [24-10-2003]
ATPases et GTPases bactériennes : transporteurs de multiples drogues et protéines orphelines.
HDR
PRENETA Rachel [05-10-2003] Dir : COZZONE Alain-Jean
Contribution à l’étude de la phosphorylation des protéines chez trois espèces bactériennes
PHD University
TROMPIER Doriane [16-07-2003] Dir : A Di Pietro/H Cortay
Etude
du transporteur MRP1 humain responsable de la résistance de cellules
cancéreuses à la chimiothérapie et recherche d’inhibiteurs spécifiques.
PHD University
JAMBON Martin [20-06-2003]
Dir : GEOURJON Christophe
Un outil bioinformatique de détection de similarités structuralers dans les structures 3D de protéines.
PHD University
2002
double precisionT Patricia [01-12-2002]
HDR
ERRAMI Mounir [20-11-2002]
Dir : DELEAGE Gilbert
Analyse statistique des structures tridimensionnelles des protéines et validation de familles structurales à bas taux d’identité
PHD University
SHAHGALDIAN P [22-10-2002] Dir : COLEMAN Anthony
Assemblages Supramoléculaire : Etude de l
PHD University
AOUACHERIA Abdel [13-09-2002]
Dir : GILLET Germain
Transformation cellulaire par l’oncogéne v-src et caractérisation des orthologues de la protéine de survie Nr-13
PHD University
ROBERT Xavier [07-06-2002]
Dir : HASER Richard
Etude
cristallographique et fonctionnelle des isoenzymes de l’alpha amylase
d’orge : leurs structures 3D en action révèlent des modes distincts
dereconnaissances des polysaccahrides et de nouvelles molécules
inhibitrices.
PHD University
GOUET Patrice [21-01-2002]
Détermination de la structure 3D de la catalase
HDR
2001
STEINFELS Emmanuelle [09-10-2001] Dir : DI PIETRO Attilio
Caractérisation
d’YvcC transporteur ABC de Bacillus subtilis impliqué dans le
transpoort de multiples drogues et notamment d’antibiotiques
PHD University
DOUTEAU-GUEVEL Nathalie [01-10-2001] Dir :
Etude structurale et thermodynamique de la complexation d’acides aminés et de peptides par les calix-arènes sulfonates
PHD University
COMBET Christophe [05-06-2001]
Dir : DELEAGE Gilbert
HCVDB :
Unbe base de données de séquences du virus de l’hépatite C
interconnectée au webiciel NPS@ d’outils bioinformatiques d’analyse de
séquences et de structures
PHD University
MARTHINET Eric [07-02-2001] Dir : BAGGETTO Loris
Modulation
de phénotype typique de multichimiorésistance (MDR) des cellules
cancéreuses humaines par des leurres transcriptionnels et étude de la
régulation transcriptionnelle du gène MDR1 au niveau de la région MED-1
PHD University
TERRY Nicolas [01-01-2001] Dir :
Synthèses et études physico-chimiques de nouvelles cylclodextrines amphiphiles
PHD University
2000
SCHMITT Jean-Robert [18-12-2000] Dir : GILLET Germain
Régulation transcriptionnelle de Nr-13 par l’oncoprotéine v-src
PHD University
VINCENT Carole [15-12-2000] Dir : COZZONE Alain-Jean
Contribution
à l’étude de la phosphorylation des protéines bactériennes au niveau de
la tyrosine:proposition d’un rôle biologique
PHD University
GEOURJON Christophe [11-12-2000] 
Bioinformatique structurale
HDR
GONZALO Philippe [28-09-2000] Dir : REBOUD Jean-Paul
Contribution
à l’étude de l’élongationau cours de la synthèse protéique chez les
mamifères:Interaction entre le facteur EF-2 et les protéines P0, P1 et
P2 du ribosome. Fixation de l’ATP sur EF-2. Phosphorylation de P2 par la
GRK2.
PHD University
CONSEIL Gwanaëlle [20-09-2000] Dir : DI PIETRO Attilio
Mécanisme
des transporteurs ABC conférant la résistance pléiotropique aux
drogues:comparaison des sytèmes de maimfères et de levure
PHD University